ネコはそれぞれ、他のネコに対して「安心できる距離」というものを持っています。ネコ同士の仲が悪いのは、想定している「安心できる距離」以上にお互いが近づいてしまい、不安を強く感じたためです。

仲良くしてもらう方法としては、まず食事を与える際に壁などを挟んで、お互いがまったく見えない状態とします。
また、絶対に相手のネコがこちらにやって来ない状態にして大丈夫であることを教えます。
そうすることで、お互いの存在に少しずつ慣れさせます。
その状態に慣れてきたら、同じ部屋の中でも端と端で食事を与えるなどして日に日にほんの少しずつ距離を縮めていきましょう。
これは、とても根気のいる作業です。ゆっくりとあせらずに取り組んでください。それぞれのネコが安心できるように隠れられる場所もたくさん用意してあげましょう。
無理に仲良くさせようと急に距離を縮めたりすると、余計にこじらせてしまう場合がありますのでご注意ください。

ネコは不安を感じると、隠れてしまうことがあります。
不安を感じる原因は、「来客などの見知らぬ人がやってきて安心する場所を侵されたと感じたとき」、「大きな音に驚いたとき」、「嫌な匂いがするとき」、「飼い主がケンカしたとき」などさまざまで、一概に特定はできません。

ネコと人間との共同生活ですから、仕方がないこともあると思います。
ここはひとつ、飼い主である貴方が愛するネコのために気配りをして、ネコのための快適な環境をつくってあげましょう。